Ketiga putera Ibu Nyai Santoso yang dikirimkan ke beberapa lembaga pendidikan terus memperdalam ilmu. Ibu Nyai Santoso tidak pernah berhenti berdoa kepada Allah SWT agar ketiga puteranya itu kelak dapat menghidupkan kembali Pondok Gontor Lama yang telah runtuh itu. Berkat pendidikan, pengarahan, dan do’a yang tulus dan ikhlas dari sang Ibu serta kesungguhan ketiga puteranya itu, akhirnya Allah SWT membuka hati ketiga putera itu untuk menghidupkan kembali pondok pesantren yang telah mati itu.
Pada tanggal 20 September 1926 bertepatan dengan 12 Rabi’ul Awwal 1345, di dalam peringatan Maulid Nabi, di hadapan masyarakat yang hadir pada kesempatan itu, dideklarasikan pembukaan kembali Pondok Gontor.
