Pondok Modern Darul Muttaqin adalah lembaga pendidikan Islam yang telah diwakafkan, tepatnya pada tanggal 17 Juni 1990, dengan menunjuk Pondok Modern Gontor Ponorogo sebagai nadzir yang bertanggung jawab atas kelangsungan dan perkembangannya sesuai dengan cita-cita dan wasiat keluarga waqif. Cita-cita mereka adalah agar Darul Muttaqin menjadi lembaga pendidikan Islam yang bermutu, pusat pengembangan ilmu pengetahuan, dan tempat berkhidmat dan berjuang untuk menegakkan kalimat Allah.
Penyerahan wakaf ini dilaksanakan secara seremonial yang dihadiri Pimpinan Pondok Modern Gontor, K.H. Abdullah Syukri Zarkasyi, M.A. beserta rombongan, keluarga wakif, instansi pemerintah baik sipil maupun militer, dan masyarakat Banyuwangi. Sejak pewakafan tersebut Pondok Modern Darul Muttaqin resmi menjadi Cabang Pondok Modern Darussalam Gontor. Sebagai Wakil Pengasuh Pondok Modern Darussalam Gontor di Pondok Modern Darul Muttaqin adalah Ustadz H. Ahmad Suharto, S.Ag. Dan sejak April 1997 dilanjutkan oleh Ustadz H. Muhammad Badrun, M.A. sampai dengan 6 Desember 2003. Berikutnya, H. Imam Kamaluddin, Lc. M. Hum mengganti H. Muhammad Badrun, M.A. Dan saat ini H. Muhammad Syuja’i, S.Ag menjadi Wakil Pengasuh hingga sekarang.
Sebagai Cabang Pondok Modern Darussalam Gontor, Darul Muttaqin selalu berusaha menyelenggarakan semua sistem pendidikan dan disiplin yang ada di Gontor, sehingga seluruh aktivitas pendidikan dan pengajarannya diupayakan agar sesuai dengan standar pendidikan dan pengajaran induknya.
Kulliyatu-l-Mu’allimin Al Islamiyah (KMI)
Sebagai pondok cabang Gontor, jenjang pendidikan dan pengajaran yang diselenggarakan oleh Pondok Modern Darul Muttaqin adalah pendidikan menengah, dengan durasi belajar 6 tahun bagi yang berijazah SD/MI dan 4 tahun bagi yang berijazah SMP dan atau SMA. Demikian halnya dengan kurikulum KMI Darul Muttaqin distandarkan dengan yang berjalan di Gontor I.
Para guru di Pondok Modern Darul Muttaqin adalah tamatan KMI Pondok Modern Gontor dan ISID yang ditugaskan oleh Pimpinan Pondok Modern untuk mengabdi di Pondok ini, tamatan Pondok Modern Darul Muttaqin sendiri, dan tamatan lembaga-lembaga lain. Selain sebagai guru pengajar di kelas, mereka juga aktif membimbing santri dalam kegiatan-kegiatan ekstra kurikuler santri.
Seluruh siswa KMI Pondok Modern Darul Muttaqin bertempat tinggal di asrama. Para santri itu sebagian langsung datang sendiri ke Darul Muttaqin dan sebagian lagi merupakan siswa-siswa yang diterima di Pondok Modern Gontor yang ditempatkan di Darul Muttaqin. Bagi santri yang naik kelas di Darul Muttaqin, dengan standar nilai yang ditetapkan dapat melanjutkan studi di KMI Pondok Modern Darussalam Gontor. Sebagaimana halnya dengan pondok cabang Gontor lainnya, ujian akhir kelas VI, praktek mengajar, dan berbagai aktivitas lain menjelang kelulusan mereka termasuk puncaknya adalah resepsi khataman dan yudisium bagi meraka diadakan di Pondok Modern Gontor I.
Pengasuhan Santri
Seperti halnya di Pondok Modern Darussalam Gontor, Pengasuhan Santri Pondok Modern Darul Muttaqin bertugas memberikan bimbingan, pengajaran, dan pengembangan secara intensif kepada segenap santri. Berbagai kegiatan-kegiatan ekstra kurikuler yang menjadi tanggunjawab lembaga ini, juga diupayakan sama dengan yang dilakukan di Pondok Modern Darussalam Gontor meski mengalami beberapa modifikasi dan inovasi yang disesuaikan dengan kondisi setempat. Di antaranya adalah kegiatan berorganisasi, kepramukaan, olahraga, ketrampilan, kesenian, latihan dan lomba pidato, pembinaan bahasa Arab dan Inggris, dll.
Gerakan Ekonomi Produktif
Meski masih sangat terbatas, gerakan ekonomi terus digalakkan untuk merintis kemandirian ekonomi pondok serta memberikan pembelajaran ekonomi bagi para guru dan santri. Saat ini, beberapa unit usaha yang ada di Pondok Modern Darul Muttaqin, yaitu: kantin pelajar dan koperasi pelajar yang berada di bawah Organisasi Pelajar Pondok Modern (OPPM) dan wartel yang dikelola guru.