Kurikulum dan semua kegiatan pendidikan serta pengajaran di Pondok Modern Gontor Putri 3 ini mengacu pada Gontor Putri I dengan modifikasi dan inovasi teknis-praktis yang disesuikan dengan kondisi setempat tanpa merubah hal-hal yang prinsip.
Tenaga pengajar di Gontor Putri III adalah tamatan Pondok Modern Darussalam Gontor yang sudah sarjana, Gontor Putri I dan Gontor Putri III sendiri
Adapun santriwati, pada awalnya diambil dari santriwati Gontor Putri I. Pada tahun berikutnya dan seterusnya, mendapat tambahan santriwati yang ditempatkan di Pondok ini pada ujian masuk KMI Gontor Putri gelombang I dan II. Untuk siswa kelas VI, ujian akhir, praktek mengajar, dan aktiviatas lain menjelang kelulusan dilaksanakan di Gontor Putri I .