PMDG Putri Kampus 5 terletak di atas areal tanah seluas 193.550 m2 dan berada sekitar 15 km dari kota Kendari, tepatnya di Desa Lamomea, Kecamatan Konda, Kab. Konawe Selatan, Sulawesi Tenggara. Seluruh aktifitas santriwati di sini diorientasikan pada pembentukan karakter seorang wanita yang muslimah, shalihah, dan mampu menjadi teladan.
Sejalan dengan antusiasme dan ketertarikan masyarakat Sulawesi Tenggara yang tinggi untuk memasukkan anaknya di PMDG Putri Kampus 5 serta harapan dibukanya Pondok Putri di daerah tersebut, disamping untuk melanjutkan misi Gontor Putri 1, maka Pimpinan PMDG membuka Gontor Putri Kampus 5.
Pondok ini mulai dibangun pada 10 Maret 2004 di bawah pengawasan H. Noor Syahid, S.Ag, serta penerimaan dan pendaftaran santri baru dimulai yakni pada tanggal 1 sampai 31 Agustus 2004. Kemudian, pembangunan pondok pun masih berlangsung hingga telah selesai pada 26 Juli 2005. Selanjutnya, diadakan peresmian yang dihadiri dan diresmikan langsung oleh Menteri Agama Republik Indonesia pada saat itu, H.M. Maftuh Basyuni pada Jum’at, 07 September 2005/2 Ramadhan 1426 H dan bersamaan dengan diresmikannya Masjid Jami’ Gontor Putri Kampus 5.
Pada awal tahap pembangunan pergedungan pondok, dibangunlah Gedung Al-Azhar sebagai asrama dan ruang kelas, dapur santriwati dan juga dibangun Rumah Kediaman Wakil Pengasuh. Adapun peletakan batu pertama Auditorium PMDG Putri Kampus 5 yang dihadiri oleh Direktur KMI, K.H. Masyhudi Subari, M.A pada tanggal 26 September 2020, dan diresmikan langsung oleh Pimpinan PMDG, K.H. Hasan Abdullah Sahal pada 25 Juli 2023 yang bertepatan dengan Pekan Perkenalan Khutbatu-l-‘Arsy Gontor Putri Kampus 5.
Wakil Pengasuh Pondok Gontor Putri 5 pada awal berdirinya tahun 2004-2006 adalah Ustadz H. Husni Kamil Djaelani, S.Ag yang ditunjuk langsung oleh Pimpinan PMDG. Pada tahun ajaran 2006-2007, Pimpinan PMDG menunjuk Ustadz H. Suwarno TM., S.Ag sebagai pengganti.
Wakil Pengasuh ketiga pada tahun 2007-2008 oleh Ustadz H. Hariyanto Abdul Jalal, S.Ag. Kemudian pada tahun 2008-2014 digantikan oleh Ustadz H. Hanif Hafidz, S.Ag sebagai Wakil Pengasuh keempat. Lalu Wakil Pengasuh selanjutnya pada tahun 2014-2021 oleh Ustadz H. Nur Wahyudin, M.Pd. Sejak tahun 2021, Wakil Pengasuh dilanjutkan oleh Ustadz Muhammad Afif Chamidi, S.Th.I, M.Pd sampai saat ini.
Seluruh kebijaksanaan di PMDG Putri mengacu kepada kebijaksanaan di PMDG secara penuh. Serta memiliki visi dan misi yang sama dengan Gontor Putri Kampus 1. Namun, itu tidak menutup kemungkinan akan disesuaikan dengan situasi dan kondisi yang terjadi, terutama berkaitan dengan hal-hal yang bersifat teknis-praktis, bukan prinsip.
Kulliyatul Mu’allimat Al-Islamiyyah (KMI)
Sistem pendidikan di KMI PMDG Putri sepenuhnya mengacu kepada sistem pendidikan KMI PMDG; baik dalam jenjang pendidikan maupun kurikulumnya, demikian pula berbagai aktivitas dan program-programnya. Setelah melalui banyak pergantian, kini, Wakil Direktur KMI di Gontor Putri Kampus 5 adalah Ustadz Hamim Fathoni, M.Pd.
Status ijazah KMI Gontor Putri Kampus 5 sama dengan ijazah KMI Gontor Pusat dan Cabang lainnya, yang telah diakui oleh Pemerintah Indonesia dan disamakan dengan MTs/SMP dan MA/SMU.
Pengasuhan Santriwati
Di luar kelas santriwati mendapat bimbingan, pengajaran, dan pengembangan diri secara intensif oleh Pengasuhan Santriwati yang bertanggungjawab menangani berbagai aktivitas ekstrakurikuler yang meliputi keorganisasian, kepramukaan, bahasa, disiplin, olahraga, keterampilan, kesenian, akhlak, ibadah, nisaiyat, dan berbagai aktifitas keputrian lainnya. Bagian ini ditangani oleh seorang Wakil Pengasuh, yaitu Ustadz Muhammad Afif Chamidi, S.Th.I. dibantu oleh beberapa staf yang terdiri dari guru-guru KMI.
Pada prinsipnya, seluruh kegiatan akademik dan nonakademik di Gontor Putri Kampus 5 mengacu pada Gontor Putri Kampus 1 di mana sistem Pendidikan yang digunakan adalah sistem pesantren/asrama. Seluruh santri wajib tinggal di asrama dalam lingkungan pondok yang sengaja diciptakan untuk mencapai tujuan pendidikan yang dimaksud.
Adapun tenaga pengajar di Gontor Putri Kampus 5 adalah lulusan KMI Gontor Putri dan Gontor Putra yang telah menyelesaikan pendidikan di Unida Gontor yang seluruhnya berperan aktif dalam pembinaan mental, spiritual serta peningkatan kemampuan akademik dan non akademik para santriwati, baik melalui aktifitas di dalam dan di luar kelas.