PMDG Putri Kampus 2 terletak di atas tanah wakaf dari (H. Anwar Shodiq) seluas 7 ha lebih kurang 114 km dari PMDG. Seluruh aktivitas santriyah di sini diorientasikan pada pembentukan karakter seorang wanita yang muslimah, shalihah, dan mampu menjadi teladan.
PMDG Putri 2 sebelumnya merupakan pondok yang digunakan sebagai tempat penerimaan calon santriyah sejak tahun 1997 hingga 2001, dan bertujuan untuk mempersiapkan santriyah yang akan menimba ilmu di KMI PMDG Putri Kampus 1.
Sebagai persiapan pembukaan pesantren putri tersebut diadakanlah beberapa kegiatan, antara lain: pembangunan gedung dan sarana yang diperlukan dan perpindahan beberapa ustadzah dari Gontor Putri kampus 1 dan santriyah sebanyak 479 santriyah yang merupakan campuran dari Gontor Putri Kampus 1 dan 3 yang bertepatan pada Kamis, 22 Syawwal 1434 H/29 Agustus 2013. Santriyah yang dipindahkan merupakan santriyah yang terpilih dengan tujuan dapat mewujudkan segala sesuatu yang diharapkan.
Setelah diresmikan menjadi lembaga pendidikan PMDG Putri Kampus 2 dikelola oleh Al-Ustadz Hudaya, Lc, M.A. Selanjutnya, kepengasuhan berpindah kepada Al-Ustadz Drs. Hamim Syuhada, M.Ud dan diteruskan oleh Al-Ustadz Noor Syahid, M.Pd. Kemudian, kepengasuhan kembali berpindah kepada Al-Ustadz Suwarno TM, S.Ag, dan berpindah lagi kepada Al-Ustadz Umar Sa’id Wijaya, M.Pd, hingga pada saat ini diamanahkan kepada Al-Ustadz Moh. Alwi Yusron, M.A
Seluruh kebijaksanaan di PMDG Putri mengacu kepada kebijaksanaan di PMDG secara penuh. Namun, itu tidak berarti menutup kemungkinan wujudnya kreatifitas dan inovasi yang muncul dari pengelolanya, terutama berkaitan dengan hal-hal yang bersifat teknis-praktis, bukan prinsip dan menyesuaikan dengan keadaan/miliu Pondok Gontor Putri Kampus 2 dan santriyahnya.
Kulliyatul Mu’allimat Al-Islamiyyah (KMI)
Sistem pendidikan di KMI PMDG Putri sepenuhnya mengacu kepada sistem pendidikan KMI PMDG; baik dalam jenjang pendidikan maupun kurikulumnya, demikian pula berbagai aktivitas dan program-programnya.
Pengasuhan Santriyah
Di luar kelas santriyah mendapat bimbingan, pengajaran, dan pengembangan diri secara intensif oleh Pengasuhan Santriyah yang bertanggungjawab menangani berbagai aktivitas ekstrakurikuler yang meliputi keorganisasian, kepramukaan, bahasa, disiplin, olahraga, ketrampilan, kesenian, akhlak, ibadah, nisaiyat, dan berbagai aktifitas keputrian lainnya. Bagian ini ditangani oleh seorang Wakil Pengasuh, yaitu Al-Ustadz Moh Alwi Yusron, M.A dibantu oleh beberapa staf yang terdiri dari guru-guru KMI.
Berbagai aktivitas ini, dengan beberapa modifikasi dan inovasi, juga mengacu kepada aktivitas yang diselenggarakan oleh Pengasuhan Santri di PMDG, tentu saja dengan beberapa penyesuaian untuk santri putri.an, dll.