PMDG Putri Kampus 3 terletak di atas tanah sawah, yang diperoleh dari pembelian Pondok seluas 12,31 ha lebih kurang 110 km dari PMDG Ponorogo, tepatnya di Desa Karangbanyu Kec. Widodaren Kab. Ngawi. Seluruh aktivitas santriwati di sini diorientasikan pada pembentukan karakter seorang wanita yang muslimah, shalihah, dan mampu menjadi teladan.
Untuk mengatasi peningkatan jumlah santriwati di PMDG Putri Kampus 1 dari tahun ke tahun, maka Pimpinan PMDG berinisiatif mendirikan PMDG Putri Kampus 3, yang terletak di Ds. Karangbanyu, Kec. Widodaren, Kab. Ngawi, sekitar 10 km sebelah timur PMDG Kampus Putri 1 di Desa Sambirejo, Mantingan, Ngawi, Jawa Timur. Pada tahun 2001, dimulailah dengan peletakan batu pertama, yang diresmikan langsung oleh Bapak Pimpinan PMDG yang ketika itu adalah K.H. Drs. Imam Badri, K.H. Abdullah Syukri Zarkasyi, M. A, dan K.H. Hasan Abdullah Sahal.
Sebagai persiapan pembukaan pesantren putri tersebut diadakanlah beberapa kegiatan, antara lain: dalam waktu 3 bulan dibangunlah beberapa bangunan lokal, untuk asrama,dan kelas. Gedung-gedung terlama atau pertama kali dibangun adalah: Baghdad, Ghaza, Lahore, Teheran, Hijaz, Tripoli. Dengan kapasitas untuk menampung sebanyak 500 santri. Sedangkan masjid belum dibangun. Bagaimana dengan pelaksanaan shalat? Dilakukan shalat berjama’ah di depan gedung Ghaza. Begitu pula dengan acara-acara lainnya, seperti Arena Gembira, juga dilaksanakan di depan gedung Ghaza dan Baghdad. Setelah itu, dimulailah pembangunan gedung Al-Azhar.
Tahap awal pembangunan fisik PMDG Putri Kampus 3 ini telah selesai pada tanggal 15 September 2002, dan diresmikan pada 18 Syawwal 1423/25 Desember 2002 oleh KH. Dr. Abdullah Syukri Zarkasyi, M.A. dan jajaran pemerintah Ngawi serta tokoh masyarakat. Yang mana seminggu sebelumnya, Rabu, 18 Desember 2002/13 Syawal 1423, Al-Ustadz Ahmad Hidayatullah Zarkasyi dan Al-Ustadz Sutadji Tadjudin mengantar rombongan santriwati PMDG Putri Kampus 1 untuk diserahkan kepada pihak PMDG Putri Kampus 3.
Pada permulaannya, Pimpinan PMDG mempercayakan urusan kepengasuhan kampus ini kepada Al-Ustadz H. Muhammad Hudaya, Lc, M.Ag. dan Al-Ustadz Husni Kamil Djaelani, S.Ag. Pada awal Tahun Ajaran 1423-1424, jumlah siswi KMI Gontor Putri 3 mencapai 587 orang. Terdiri dari 315 siswi baru dan 272 siswi lama. Setelah liburan pertengahan tahun, Gontor Putri 3 mendapat tambahan santriwati sejumlah 158 orang dari Gontor Putri Kampus 2. Tercatat hingga akhir tahun ajaran, jumlah siswi KMI Gontor Putri 3 adalah 727 siswi. Jumlah guru yang berkhidmat di Gontor Putri Kampus 3 adalah 58 orang, terdiri dari 5 ustadz dan 53 ustadzah.
Wakil Pengasuh di kanpus ini adalah H. M Hudaya, Lc, M. Ag, pada tahun 2003-2012, lalu, di gantikan oleh Al- Ustadz. H. Saepul Anwar, S. Ag. pada tahun 2012-2016, dan digantikan lagi oleh Al-Ustadz Aris Helmi Hulaimi, S.Th.I. pada tahun 2016-2017, lalu digantikan oleh Al-Ustadz Suwarno TM. S.Ag. pada tahun 2017-2021, lalu dilanjutkan lagi saat ini oleh Al-Ustadz H. Muhammad Badrun Syahir, MA. pada 2021-2023, dan kemudian Al-Ustadz Dr. Nurul Salis Al Amin, M.Pd. hingga sekarang.
Seluruh kebijaksanaan di PMDG Putri mengacu kepada kebijaksanaan di PMDG secara penuh. Namun, itu tidak berarti menutup kemungkinan wujudnya kreatifitas dan inovasi yang muncul dari pengelolanya, terutama berkaitan dengan hal-hal yang bersifat teknis-praktis, bukan prinsip.
Kulliyatul Mu’allimat Al-Islamiyyah (KMI)
Sistem pendidikan di KMI PMDG Putri sepenuhnya mengacu kepada sistem pendidikan KMI PMDG; baik dalam jenjang pendidikan maupun kurikulumnya, demikian pula berbagai aktivitas dan program-programnya. Direktur KMI PMDG Putri Kampus 3 yang pertama adalah Drs. Sutrisno Ahmad Dipl. A. Ed. Setelah melalui banyak pergantian, kini Wakil Direktur KMI di Gontor Putri Kampus 3 adalah Yudi Afifuddin, M.E.
Pengasuhan Santriwati
Di luar kelas santriwati mendapat bimbingan, pengajaran, dan pengembangan diri secara intensif oleh pengasuhan santriwati yang bertanggungjawab menangani berbagai aktivitas ekstrakurikuler yang meliputi keorganisasian, kepramukaan, bahasa, disiplin, olahraga, ketrampilan, kesenian, akhlak, ibadah, nisaiyat, dan berbagai aktifitas keputrian lainnya. Bagian ini ditangani oleh seorang Wakil Pengasuh, yaitu Dr. Nurul Salis Al Amin, M.Pd. dibantu oleh beberapa staf yang terdiri dari guru-guru KMI.
Berbagai aktivitas ini, dengan beberapa modifikasi dan inovasi, juga mengacu kepada aktivitas yang diselenggarakan oleh Pengasuhan Santri di PMDG, tentu saja dengan beberapa penyesuaian untuk santri putri.