Bentuk pendidikan yang menjadi pilihan Pondok Gontor adalah pesantren, karena pesantren memiliki banyak keunggulan dibanding bentuk lembaga pendidikan lainnya.
Dalam pesantren tercipta tripusat pendidikan yang terpadu, yaitu pendidikan rumah tangga, sekolah, dan masyarakat. Pesantren bukan hanya menanamkan aspek kognitif, tetapi juga afektif dan psikomotorik. Pesantren bukan hanya mengasah kecerdasan otak dan ketrampilan tangan, tetapi juga kekuatan mental dan kecerdasan spiritual.
Dengan bentuk pesantren inilah Pondok Gontor sangat konsisten menerapkan disiplin berasrama bagi para penghuninya. Asrama penuh dengan program pendidikan, bukan sekadar sebagai tempat tidur santri. Dengan sistem asrama, para santri bisa berinteraksi dengan para guru secara lebih efektif dan produktif. Selain itu, santri dapat sepenuhnya terwarnai oleh program-program pendidikan pondok sehingga steril dari pengaruh kultur masyarakat sekitar yang kurang edukatif dan islami. Sistem asrama dapat pula mendidik santri dalam hal kemandirian, leadership, ukhuwah, dan bersosialisasi dengan teman-temannya yang memiliki latar belakang budaya yang beraneka ragam.
Keistimewaan lain dari sistem asrama Pondok Gontor adalah mengutamakan metode keteladanan dengan menjadikan kiyai dan guru guru sebagai figur sentral. Asrama Pondok Gontor juga menciptakan lingkungan yang kondusif dengan masjid sebagai pusat yang menjiwai seluruh santri.