Lembaga tertinggi dalam organisasi Balai Pendidikan Pondok Modern Darussalam Gontor ialah Badan Wakaf. Badan Wakaf adalah semacam badan legislatif yang beranggotakan 15 orang, bertanggungjawab atas segala pelaksanaan dan perkembangan pendidikan dan pengajaran di Pondok Modern. Untuk tugas dan kewajiban keseharian amanat ini dijalankan oleh Pimpinan Pondok.

Pimpinan Pondok Modern Darussalam Gontor merupakan semacam badan eksekutif (setelah wafatnya para pendiri Pondok) yang dipilih oleh Badan Wakaf setiap 5 tahun sekali. Dengan demikian Pimpinan Pondok adalah mandataris Badan Wakaf yang mendapatkan amanah untuk menjalankan keputusan-keputusan Badan Wakaf dan bertanggungjawab kepada Badan Wakaf Pondok Modern Darussalam Gontor. Pimpinan Pondok Modern Darussalam Gontor, di samping memimpin lembaga-lembaga dan bagian-bagian di Balai Pendidikan Pondok Modern Darussalam Gontor, juga berkewajiban mengasuh para santri sesuai dengan sunnah Balai Pendidikan Pondok Modern Darussalam Gontor. Adapun lembaga-lembaga dan atau bagian-bagian yang dibawahi Pimpinan Pondok Modern Darussalam Gontor adalah sebagai berikut:

1. Lembaga perguruan menengah dengan masa belajar 6 atau 4 tahun, setingkat Tsanawiyah dan Aliyah, bernama Kulliyatul Mu’allimin al-Islamiyah (KMI)

2. Lembaga perguruan tinggi yang disebut Institut Studi Islam Darussalam (ISID), mempunyai tiga fakultas: Fakultas Tarbiyah, Fakultas Ushuluddin, dan Fakultas Syari’ah.

3. Lembaga Pengasuhan Santri yang mengurusi bidang pengasuhan santri khususnya bidang ekstra kurikuler. Lembaga ini membawahi tiga organisasi santri:

a.    Organisasi Pelajar Pondok Modern (OPPM), yaitu organisasi siswa KMI

b.    Koordinator Gugusdepan Pondok Modern Darussalam Gontor, yakni organisasi kepramukaan siswa KMI.

c.    Dewan Mahasiswa (DEMA), yaitu organisasi untuk mahasiswa ISID.

4. Lembaga yang bergerak dalam bidang penggalian dana, pemeliharaan, perluasan, dan pengembangan aset-aset Pondok yang disebut Yayasan Pemeliharaan dan Perluasan Wakaf Pondok Modern (YPPWPM).

5. Lembaga wadah pemersatu para alumni Gontor yang disebut Ikatan Keluarga Pondok Modern (IKPM).

Di samping kelima lembaga di atas, ada bagian-bagian tertentu yang dibentuk untuk memperlancar proses pendidikan dan pengajaran di Pondok. Bagian-bagian tersebut adalah:

1. Bagian pembinaan masyarakat yang disebut Pusat Latihan Manajemen dan Pengembangan Masyarakat (PLMPM).

2. Bagian yang menangani pergedungan yang disebut Bagian Pembangunan Pondok Modern Darussalam Gontor.

3. Bagian yang menangani unit-unit usaha milik Pondok yang disebut Koperasi Pondok Pesantren (Kopontren) La Tansa.

4. Bagian yang bergerak di bidang pelayanan kesehatan santri dan masyarakat yaitu Balai Kesehatan Santri dan Masyarakat (BKSM).

Dengan tekad untuk menjadi sebuah lembaga pendidikan berkualitas, Pondok Modern Darussalam Gontor bercermin pada lembaga-lembaga pendidikan internasional terkemuka. Empat lembaga pendidikan yang menjadi sintesa Pondok Modern Gontor adalah:

1. Universitas Al-Azhar Kairo Mesir, yang memiliki wakaf yang sangat luas sehingga mampu mengutus para ulama ke seluruh penjuru dunia, dan memberikan beasiswa bagi ribuan pelajar dari berbagai belahan dunia untuk belajar di Universitas tersebut.
2. Aligarh, yang terletak di India, yang memiliki perhatian sangat besar terhadap perbaikan sistem pendidikan dan pengajaran.
3. Syanggit, di Mauritania, yang dihiasi kedermawanan dan keihlasan para pengasuhnya.
4. Santiniketan, di India, dengan segenap kesederhanaan, ketenangan dan kedamaiannya.

Sejarah

Balai Pendidikan Pondok Modern Darussalam Gontor didirikan pada tgl 20 September 1926/ 12 Rabi’ul Awwal 1345
oleh tiga bersaudara:
K.H. Ahmad Sahal (1901 – 1977)
K.H. Zainudin Fananie (1908 – 1967)
K.H. Imam Zarkasyi (1910 – 1985)

5 Syawwal 1355/19 Desember 1936
Kulliyatu-l Mu’allimin al-Islamiyah (KMI), didirikan oleh K.H. Imam Zarkasyi.
Sebuah sekolah tingkat menengah, masa belajar 6 th, untuk mencetak guru-guru Islam, dengan sistem pesantren, mengajar-kan ilmu agama dan ilmu pengetahuan umum secara seimbang.
Pelajaran agama dan bahasa (Arab dan Inggris) disampaikan dengan bahasa pelajaran (tidak diterjemahkan).

1948
Terjadi Pemberontakan PKI di Madiun, Para Kyai di wilayah Madiun dan sekitarnya ditangkap dan ditawan oleh gerombolan PKI, termasuk Kyai Gontor. Sebagian besar mereka dibantai, namun para Kyai Gontor selamat berkat bala bantuan dari Pasukan Siliwangi.

28 Rabi’u Awal 1378/ 12 Oktober 1958
Para pendiri Pondok mewakafkan PMDG kepada Umat Islam. Sebuah pengorbanan kepemilikan pribadi demi kemaslahatan umat.
Pihak penerima amanat diwakili oleh 15 anggota IKPM yang kemudian menjadi Badan Wakaf PMDG.

29 Jumada Tsaniyah 1383/ 17 Nopember 1963
Perguruan Tinggi Darussalam berdiri. Sejak 1996 diubah namanya menjadi Institut Studi Islam Darussalam (ISID).
ISID mempunyai 3 fakultas:
Tarbiyah; jurusan Pendidikan Agama Islam dan Pengajaran Bahasa Arab.
Ushuluddin; jurusan Perbandingan Agama, Filsafat Pemikiran Islam.
Syari’ah; jurusan Perbandingan Madzhab dan Hukum; dan jurusan Manajemen & Lembaga Keuangan Islam.

7 Dzulhijjah 1386/ 19 Maret 1967
Terjadi pemberontakan terhadap Kyai/Pimpinan Pondok, didalangi oleh sebagian santri senior, bertujuan mengambil alih kepemimpinan di Pondok.
Kyai/Pimpinan Pondok memulangkan seluruh santrinya. Pondok untuk sementara waktu diliburkan.
Hanya sebagian santri yang dipanggil oleh Pimpinan Pondok yang boleh kembali belajar/nyantri di PMDG.
Pasca peristiwa, semakin banyak santri yang datang dan Pondok bertambah maju pesat.

Generasi Kedua
30 Rajab 1405/ 21 April 1985, K.H. Imam Zarkasyi, pendiri Pondok terakhir, wafat.
Sidang Badan Wakaf menetapkan tiga pimpinan baru:
K.H. Shoiman Luqmanul Hakim
K.H. Abdullah Syukri Zarkasyi, M.A.
K.H. Hasan Abdullah Sahal
Th 1999, K.H. Shoiman Luqmanul Hakim wafat, digantikan oleh Drs. K.H. Imam Badri (wafat 8 Juni 2006)
Thn 2006, Drs. KH Imam Badri

Visi

Sebagai lembaga pendidikan pencetak kader-kader pemimpin umat, menjadi tempat ibadah talab al-’ilmi; dan menjadi sumber pengetahuan Islam, bahasa al-Qur’an, dan ilmu pengetahuan umum, dengan tetap berjiwa pesantren.

Misi

1. Membentuk generasi yang unggul menuju terbentuknya khaira ummah.
2. Mendidik dan mengembangkan generasi mukmin-muslim yang berbudi tinggi, berbadan sehat, berpengeta-huan luas, dan berpikiran bebas, serta berkhidmat kepada masyarakat.
Mengajarkan ilmu pengetahuan agama dan umum secara seimbang menuju terbentuknya ulama yang intelek.
Mewujudkan warga negara yang berkepribadian Indonesia yang beriman dan bertakwa kepada Allah SWT.

Tujuan

1. Terwujudnya generasi yang unggul menuju terbentuknya khaira ummah.
2. Terbentuknya generasi mukmin-muslim yang berbudi tinggi, berbadan sehat, berpengetahuan luas, dan berpikiran bebas, serta berkhidmat kepada masyarakat.
3. Lahirnya ulama intelek yang memiliki keseimbangan dzikir dan pikir.
4. Terwujudnya warga negara yang berkepribadian Indonesia yang beriman dan bertakwa kepada Allah SWT.

Motto

• Berbudi tinggi
• Berbadan sehat
• Berpengetahuan luas
• Berpikiran bebas

Panca Jiwa

• Keikhlasan
• Kesederhanaan
• Berdikari
• Ukhuwah Islamiyah
• Jiwa Bebas

Panca Jangka

• Pendidikan dan Pengajaran
• Kaderisasi
• Pergedungan
• Pengadaan Sumber Dana
• Kesejahteraan Keluarga Pondok

Orientasi Pendidikan & Pengajaran

• Keislaman
• Keilmuan
• Kemasyarakatan

Strategi Pendidikan

• Kehidupan Pondok dengan segala TOTALITASNYA menjadi media pembelajaran dan pendidikan.
• Pendidikan berbasis komunitas: segala yang didengar, dilihat, dirasakan, dikerjakan, dan dialami oleh para santri dan warga Pondok dimaksudkan untuk mencapai tujuan pendidikan.

Profil Alumni

• Mukmin, muslim, muhsin.
• Komit pada perjuangan.
• Perekat ummat.
• Berjiwa guru.
• Warga negara yang baik.

Kurikulum KMI

• Kurikulum KMI terdiri dari Ilmu Pengetahuan Umum 100%, Ilmu Pengetahuan Agama 100%.
• Hal ini menunjukkan bahwa antara ilmu agama dan umum tidak dapat dipisahkan, semuanya ilmu Islam. Semua bersumber dari Allah dengan segala ciptaan-Nya atau segala sesuatu yang lahir dari ciptaan-Nya.
• Secara mendasar, tujuan pengajaran kedua macam ilmu tersebut adalah untuk membekali siswa dengan dasar-dasar ilmu menuju kesempurnaan menjadi ‘abid dan khalifah.
• Kurikulum KMI tidak terbatas pada pelajaran di kelas saja, melainkan keseluruhan kegiatan di dalam dan di luar kelas merupakan proses pendidik-an yang tak terpisahkan.

Isi Kurikulum

• Bahasa Arab
• ‘Ulum Islamiyah; utk kls II ke atas menggunakan bahasa Arab sebagai bahasa pengantar.
• Keguruan
• Bahasa Inggris
• Ilmu Pasti; Matematika dan IPA
• Ilmu Pengetahuan Sosial
• Keindonesiaan/Kewarganegaraan

Guru KMI

• Berasal dari tamatan KMI Gontor, atau lulusan KMI yang telah tamat belajar di perguruan tinggi dalam maupun luar negeri; dan wajib bertempat tinggal di asrama.
• Tugas:
• Sebagai guru/pendidik;
• Sebagai mahasiswa ISID;
• Sebagai pembantu Pondok: tata usaha, pengurus unit usaha, pembimbing kegiatan santri, dll.

Peningkatan Kompetensi Guru

• Penataran dan Pelatihan
• Ta’hil ( Pengayaan Guru Materi Pelajaran) – Program Mingguan.
• Tugas Belajar
• Pemeriksaan Satuan Pelajaran
• Supervisi Pengajaran
• Pemeriksaan Pencapaian Target KBM dg memeriksa catatan siswa.

Kegiatan KMI

1. Kegiatan Harian: KBM di kelas dan Lab. IPA.
2. Kegiatan Mingguan: Pertemuan Guru (setiap Kamis siang), Pertemuan Ketua Kelas (setiap Jum’at malam), Rapat Pengurus KMI (setiap Rabu malam).
3. Kegiatan Tengah Tahunan: Ujian Tengah Semester I & II dan Ujian Akhir Semester I & II.
4. Kegiatan Tahunan: Kajian kitab klasik dan kontemporer, latihan membuka kamus arab, praktek mengajar, economic study tour, penulisan karya ilmiah, manasik haji.
5. Bentuk Evaluasi/Ujian: Tengah Semester, Semester, dan Akhir (EBTA).
6. Semester & EBTA: Lisan; Tulis; dan Praktek.

Kalender Kegiatan

1. Pendaftaran Calon Siswa & Daftar Ulang: 2 – 10 Syawwal.
2. Pembukaan Tahun Pelajaran: 11 Syawwal.
3. Ujian Masuk KMI: 11 Syawwal
4. Ujian Semester I: 13 Safar – 8 R. Awwal.
5. Liburan Semester I: 10 – 19 R. Awwal.
6. Ujian Akhir (EBTA) Kelas VI: 1 J. Tsaniyah – 21 Rajab; Praktek Mengajar, Ujian Lisan, Ujian Tulis.
7. Ujian Semester II: 25 Rajab – 18 Sya’ban.
8. Liburan Semester II: 20 Sya’ban – 10 Syawwal.

Pengakuan

1. Menteri Pendidikan dan Pengajaran Republik Arab Mesir, tahun 1957
2. Kementerian Pengajaran Kerajaan Arab Saudi, tahun 1967
3. University of the Punjab, Lahore, Pakistan, tahun 1991
4. Dirjen Binbaga Islam Depag RI th. 1998
5. Menteri Pendidikan Nasional RI th. 2000

Syarat Masuk KMI

1. Tamat SD/MI atau SLTP (utk program Intensif).
2. Lulus Tes Lisan: Al-Qur’an dan Ibadah.
3. Lulus Tes Tulis: Hitung Angka, Hitung Soal, Bahasa Indonesia, dan Imla’ (dikte arab).
4. Sehat jasmani & rohani (pemeriksaan di BKSM Pondok Modern Gontor).
5. Memenuhi persyaratan administrasi.
6. Siap bertempat tinggal di asrama.

Kegiatan Ekstrakurikuler

1. Pramuka
2. Olahraga
3. Kesenian
4. Latihan Pidato dlm bhs Indonesia, Arab, dan Inggris
5. Khutbah Jum’at
6. Tau’iyah Diniyah
7. Diskusi
8. Kursus Komputer
9. Praktek di Laboratorium Bahasa
10. Kursus Jurnalistik
11. Majalah Dinding dlm bhs Arab dan Inggris
12. Baca buku di Perpustakaan
13. Keterampilan
14. Praktek Manajemen Organisasi dan Koperasi
15. Bersih Lingkungan, dll.

Perjalanan panjang Pondok Modern Darussalam Gontor bermula pada abad ke-18. Pondok Tegalsari sebagai cikal bakal Pondok Modern Darussalam Gontor didirikan oleh Kyai Ageng Hasan Bashari. Ribuan santri berduyun-duyun menuntut ilmu di pondok ini. Saat pondok tersebut dipimpin oleh Kyai Khalifah, terdapat seorang santri yang sangat menonjol dalam berbagai bidang. Namanya Sulaiman Jamaluddin, putera Panghulu Jamaluddin dan cucu Pangeran Hadiraja, Sultan Kasepuhan Cirebon. Ia sangat dekat dengan Kyainya dan Kyai pun sayang padanya. Maka setelah santri Sultan Jamaluddin dirasa telah memperoleh ilmu yang cukup, ia dinikahkan dengan putri Kyai dan diberi kepercayaan untuk mendirikan pesantren sendiri di desa Gontor.

Gontor adalah sebuah tempat yang terletak lebih kurang 3 km sebelah timur Tegalsari dan 11 km ke arah tenggara dari kota Ponorogo. Pada saat itu, Gontor masih merupakan kawasan hutan yang belum banyak didatangi orang. Bahkan hutan ini dikenal sebagai tempat persembunyian para perampok, penjahat, penyamun bahkan pemabuk.

Dengan bekal awal 40 santri, Pondok Gontor yang didirikan oleh Kyai Sulaiman Jamaluddin ini terus berkembang dengan pesat, khususnya ketika dipimpin oleh putera beliau yang bernama Kyai Anom Besari. Ketika Kyai Anom Besari wafat, Pondok diteruskan oleh generasi ketiga dari pendiri Gontor Lama dengan pimpinan Kyai Santoso Anom Besari.

Setelah perjalanan panjang tersebut, tibalah masa bagi generasi keempat. Tiga dari tujuh putra-putri Kyai Santoso Anom Besari menuntut ilmu ke berbagai lembaga pendidikan dan pesantren, dan kemudian kembali ke Gontor untuk meningkatkan mutu pendidikan di Pondok Gontor. Mereka adalah;

• KH. Ahmad Sahal (1901-1977)
• KH. Zainuddin Fanani (1908-1967)
• KH. Imam Zarkasyi (1910-1985)

Mereka memperbaharui sistem pendidikan di Gontor dan mendirikan Pondok Modern Darussalam Gontor pada tanggal 20 September 1926 bertepatan dengan 12 Rabiul Awwal 1345, dalam peringatan Maulid Nabi. Pada saat itu, jenjang pendidikan dasar dimulai dengan nama Tarbiyatul Athfal. Kemudian, pada 19 Desember 1936 yang bertepatan dengan 5 Syawwal 1355, didirikanlah Kulliyatu-l-Muallimin al-Islamiyah, yang program pendidikannya diselenggarakan selama enam tahun, setingkat dengan jenjang pendidikan menengah.

Dalam perjalanannya, sebuah perguruan tinggi bernama Perguruan Tinggi Darussalam (PTD) didirikan pada 17 November 1963 yang bertepatan dengan 1 Rajab 1383. Nama PTD ini kemudian berganti menjadi Institut Pendidikan Darussalam (IPD), yang selanjutnya berganti menjadi Institut Studi Islam Darussalam (ISID). Saat ini ISID memiliki tiga Fakultas: Fakultas Tarbiyah dengan jurusan Pendidikan Agama Islam dan Pendidikan Bahasa Arab, FakultasUshuluddin dengan jurusan Perbandingan Agama, dan Akidah dan Filsafat, dan Fakultas Syariah dengan jurusan Perbandingan Madzhab dan Hukum, dan jurusan Manajemen Lembaga Keuangan Islam. Sejak tahun 1996 ISID telah memiliki kampus sendiri di Demangan, Siman, Ponorogo.

Pondok Modern Darussalam Gontor Ponorogo saat ini dipimpin oleh:

1. Dr. Abdullah Syukri Zarkasyi
2. Hasan Abdullah Sahal
3. Syamsul Hadi Abdan