Pendidikan berorganisasi adalah salah satu dari berbagai macam pendidikan yang diajarkan di Pondok Modern Gontor 3 Darul Ma’rifat. Guna menunjang aktivitas keorganisasian di asrama atau rayon, Gontor 3 mengadakan pemilihan ketua rayon pada Senin 15 Syawwal 1435 / 11 Agustus 2014 yang dilaksanakan di depan rayon masing-masing. Sebanyak 33 santri kelas 5 KMI mengikuti pemilihan ini. Dari pemilihan tersebut terbentuklah struktur kepengurusan yang menaungi santri kelas 1 s/d 4 KMI, adapun nama-nama ketua rayon di Gontor 3 adalah sebagai berikut:
Rayon Makkah 1 :
Muhammad Syafiudin Ridho 5B
Maulana Syaputra HS 5F
Alip Eko Prasetyo 5C
Rayon Makkah 2 :
M. Arief Al-Hakim 5B
Nuruddin Imam Muttaqin 5D
Imam Mahrus Hartoyo 5F
Rayon Makkah 3 :
Faris Ahsanu Ibadillah 5B
Khalid Abdullah Salman 5B
Karamah Salim Brik Bajri 5E
Rayon Sudan 1 :
M. Yusuf Syarifuddin 5D
Muh. Faiq Pradana Aris 5F
Vonda Bimantara 5D
Rayon Sudan 2 :
Muh. Sultan Hakim 5E
Akbar Aisya Billah 5C
Faqih Abdul Aziz Syam 5F
Rayon Palestina :
Muhammad Asslam Salim 5E
Ahmad Hamdani Harahap 5C
Deni Stiawan 5F
Rayon Santiniketan :
Zadiq Virza Saihul Awdad 5F
Kizelando 5D
Muhammad Al-Azhar 5F
Rayon Al-Azhar :
Muhammad Reza Tohani 5E
Maulana 5 B
Anas Arvian 5F
Rayon Aligarh :
Muhammad Rizqi Setiawan 5C
Abdurrahman Baihaqi 5F
M. Ari 5F
Rayon Syanggit :
Abdurrahman 5B
M. Rizal Himawan 5E
Muhammad Iqbal 5G
Rayon Mesir :
SofyanMalik Al-Rahman 5G
Muhammad Abdullah 5F
Faris Ahsanu Ibadillah 5B
Mereka inilah yang akan memimpin keorganisasian di rayon masing-masing selama satu tahun ke depan, dengan dibantu keamanan rayon dan penggerak bahasa rayon. Dalam pendidikan ini juga terdapat nilai demokrasi ala pondok dimana santri yang memilih dan santri pula yang memimpin. Kebebasan dalam kepemimpinan dalam artian tidak ada otoritas dan siapapun santrinya memiliki hak untuk mendapatkan amanah kepemimpinan.Kresna
